「健康存摺」系統為一線上健康資料查詢系統，提供健保保險對象可隨時隨地便利地查詢個人的健康資料，掌握健康大小事、做好自我健康管理！也可以在就醫時，提供醫師參考，幫助醫師快速掌握個人健康狀況，提升醫療照護安全與品質。 
健康存摺」系統於103年9月25日在健保署官網上線，只要持自然人憑證或已註冊密碼之健保卡，通過身分驗證，即可於「健康存摺」查詢或下載個人的健康資料。
自105年7月起，為提升服務效能，「健康存摺」系統進行全面改版，包括：資料視覺化呈現、增加外部衛教連結、擴大資料提供範圍，以及提升「健康存摺」取得可近性及使用便利性等功能，希望能讓「健康存摺」為民眾發揮最佳功能。

健康存摺提供整合跨機關、跨單位之醫療資料，及健保保險計費、繳納資料，內容如下： 
1.西、中、牙醫門診及手術、用藥資料、2.住院資料、3.過敏資料、4.檢驗資料、
5.影像或病理檢查資料、6.出院病歷摘要、7.器捐或安寧緩和醫療意願、8.成人預防保健結果
9.預防接種資料、10.健保卡狀況及領卡紀錄、11.保費計費明細、12.保險費繳納明細